Una lágrima sin identificar

Eisenberg nació en Queens, Nueva York. Es hijo de Amy y Barry Eisenberg. Su hermana, Hallie Kate Eisenberg, es una antigua estrella infantil. Su familia es judía. Eisenberg se crió en Queens y Nueva Jersey, asistiendo el East Brunswick Public Schools en la Escuela de Helada, Hammarskjold Middle School, Churchill Junior High School, y cursó un año de estudiante de segundo año en el East Brunswick High School. 

Eisenberg empezó estudiando en la Universidad de Nueva York, pero pasados unos meses se retiró para poder finalizar un papel en una película. Posteriormente se matriculó en The New School de Nueva York. Sufre de un trastorno obsesivo-compulsivo.